Пекович согласовал условия контракта с Партизаном
С 2005 по 2008 год Пекович уже выступал в составе Партизана, после чего перебрался в Панатинаикос. В своем дебютном сезоне в НБА Никола набирал в среднем 5,5 очка и 3,0 подбора за игру регулярного чемпионата.