В новой истории речь пойдет о событиях после Injustice: Gods Among Us. Разработчики наполнили игру множеством опасностей для Темного рыцаря, он пытается не допустить установления режима Супермена.
В сюжет добавили новых героев: Флэша, Супергерл и Аквамена. Новый вид файтинга с измененной механикой боя и разнообразными возможностями доступен игрокам. Персонажей теперь можно кастомизировать, меняя внешний вид и технику боя.