Вальдес предпочел Днепру Рубин
Форвард перешел в казанский клуб из испанского Эркулеса.
Вальдес является воспитанником парагвайского клуба Атлетико Тембетари. В 2001 году он перешёл в бременский Вердер и защищал цвета этого клуба до 2006 года (80 матчей, 21 гол). В составе Вердера Вальдес стал чемпионом Германии в 2004 году.
С 2006 по 2010 год Нельсон Вальдес выступал за Боруссию из Дортмунда (113 матчей, 16 голов).
Сезон 2010/11 парагвайский нападающий провёл в испанском Эркулесе. Вальдес сыграл за этот клуб 25 матчей в чемпионате Испании и забил 8 голов.
За сборную Парагвая Нельсон Вальдес провёл 38 матчей и забил 9 голов. В её составе он стал серебряным призёром Кубка Америки 2011.